- 天皇家
後陽成天皇・後水尾天皇の時に禁裏文庫→万治四年（1661）内裏炎上により焼失するも後西天皇の作成した副本は無事→東山御文庫
東山御文庫には霊元天皇の命令で公家の歌書類が大量に書写され蔵書に加えられた。
→御所本→宮内庁書陵部
桂宮本→宮内庁書陵部
有栖川宮本（高松本）→国立歴史民俗博物館
- 近衛家
古文書類は明治に京都大学図書館へ寄託→財団法人陽明文庫
- 一条家
一条兼良が収集し桃華坊文庫成立→応仁の乱により焼失
- 菊亭家
専修大学付属図書館菊亭文庫
- 西園寺家
明治に西園寺公望が創立した立命館大学に寄贈。西園寺文庫
- 久我家
戦後國學院大學に寄贈→國學院大學付属図書館久我家文書
- 冷泉家
財団法人冷泉家時雨亭文庫
- 柳原家
柳原紀光が収集→宮内庁書陵部と西尾市岩瀬文庫
- 清原家
博士家。京都大学付属図書館清家文庫
- 金沢流北条氏
金沢文庫→称名寺→神奈川県立金沢文庫
- 江戸幕府
①駿河御譲本→紅葉山文庫→内閣文庫→国立公文書館内閣文庫・宮内庁書陵部（漢籍を中心とする貴重書）
②昌平坂学問所・医学館・開成所の所蔵→書籍館→浅草文庫→内閣文庫（但し一部は東京国立博物館へ）→国立公文書館内閣文庫・宮内庁書陵部
- 尾張藩
駿河御譲本→蓬左文庫→名古屋市に譲渡
- 紀井藩
南葵文庫→東京大学に譲渡
- 水戸藩
光圀が『大日本史』編纂のため、資料収集。学問所彰考館成立→彰考館文庫
- 松平忠房
島原市島原図書館松平文庫
- 加賀藩
前田綱紀が資料収集→尊経閣文庫
加越能文庫（金沢市玉川図書館）
- 仙台藩
伊達吉村が和書を収集→仙台市立図書館伊達文庫
- 越前松平藩
松平文庫（福岡県立図書館）
- 岡山藩
岡山大学付属図書館池田文庫
- 豊後佐伯藩
毛利高標の佐伯文庫→幕府に献上→宮内庁書陵部・国立公文書館内閣文庫
- 白河松平藩
松平定信の楽亭文庫→桑名藩が継承→維新後散逸
- 伊勢神宮
林崎文庫（内宮）→神宮文庫
豊宮崎文庫（外宮）→神宮文庫
- 比叡山
大正十年に比叡山の各蔵に収蔵されていた資料を集め叡山文庫設立
- 書籍館
全国の旧藩校から蔵書を収集→東京図書館と改称→帝国図書館と改称→国会図書館
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備忘のためのまとめ。
江戸の民間系と、維新後の財閥系はまた後日。
